O reduzido conhecimento acerca dos efeitos do desmatamento sobre a saúde humana é uma importante lacuna para o gerenciamento do ambiente e da saúde no Brasil e no mundo. A fim de avaliar o impacto do desmatamento sobre a incidência de doenças, realizamos uma análise em painel, relacionando dados de desmatamento e de doenças de notificação compulsória, por município e por ano, cobrindo os 773 municípios da Amazônia Legal, entre 2004 e 2012. Foram realizadas estimações separadamente para cada doença, com a inclusão de controles para efeitos fixos de município, para aspectos socioeconômicos e para a provisão de serviços públicos de saúde. Entre as doenças que possuíam dados suficientes para a análise, verificamos que o desmatamento possui efeito significativo sobre leishmaniose e malária: incrementos anuais na área municipal desmatada levam a aumentos expressivos em sua incidência.