Este texto apresenta os desafios para a implementação dos critérios de transferências intergovernamentais estabelecidos na Lei Complementar (LC) nº 141, de 13 de janeiro de 2012, que regulamentou a Emenda Constitucional (EC) nº 29, de 13 de setembro de 2000, para o Sistema Único de Saúde (SUS). A lei estabelece normas para a alocação de recursos que objetivam a redução das disparidades regionais, demanda antiga de diversos estudiosos do setor. Este novo modelo de alocação de recursos financeiros exige a alteração da lógica que tem orientado a alocação de recursos federais em saúde no Brasil e implica mudanças estruturais nos critérios de distribuição empregados atualmente pelo Ministério da Saúde (MS).