O limitado conhecimento sobre os efeitos do desmatamento na saúde humana é uma lacuna importante para a gestão ambiental e da saúde no Brasil e no mundo. A fim de avaliar a sua ocorrência e magnitude, foi realizada uma análise de painel, ligação de dados sobre o desmatamento e doenças de notificação por município e ano, cobrindo 773 municípios na Amazônia entre 2004 e 2012. Foi realizado estimativas separadamente para cada doença, com a inclusão de controla para efeitos fixos do município, características socioeconômicas e de prestação de serviços públicos de saúde. Entre as doenças que tinham dados suficientes para análise, verificou-se que o desmatamento tem um efeito significativo sobre a leishmaniose e malária: em média aumenta, anuais de 1% no municipal chumbo área desmatada para um aumento entre 14,5% e 23,2% na incidência de malária e entre 5,12% e 9,26% na incidência de leishmaniose. Por outro lado, estatisticamente significativos efeitos não foram detectadas para as doenças indicadas como fortes candidatos por alguns autores. Os resultados confirmam a existência de custos de desmatamento relacionadas com a saúde, embora estas não se aplicam a uma ampla gama de doenças. Destaca-se a existência de custos de desmatamento relacionadas com a saúde na Amazônia, que devem ser tidos em conta tanto na gestão da saúde pública e na tomada de decisões em termos de capital natural.