Com o objetivo de comparar os valores de aquisição dos programas que disponibilizam medicamentos para a atenção básica, Programa Aqui Tem Farmácia Popular (ATFP) e Componente Básico da Assistência Farmacêutica (CBAF), esse estudo realizou o levantamento dos valores unitários dos medicamentos disponibilizados nos dois programas e analisou a diferença encontrada entre os valores unitários de aquisição pelos municípios e estados brasileiros, registrados no Banco de Preços em Saúde (BPS), e o valor de referência repassado pelo ATFP aos estabelecimentos privados credenciados. Os dados analisados demonstram que há variações expressivas entre os valores unitários dos medicamentos nos dois programas e que a aquisição desses medicamentos em municípios e estados tem sido mais eficiente, quando refere-se ao valor unitário de aquisição, em relação ao preço ressarcido pelo Governo Federal às farmácias credenciadas no Programa ATFP. Portanto, esse estudo contribui para as discussões relacionadas aos modelos e efetividade dos programas de medicamentos disponibilizados pelo SUS na Atenção Básica e permite levantar alguns pontos importantes desse tema, como a suficiência dos recursos destinados pelas três esferas de gestão do SUS para o custeio do CBAF e a negociação dos valores de referência ressarcidos pelo Governo Federal no Programa ATFP.