As avaliações econômicas são elaboradas com base em modelos teóricos que procuram representar a realidade. Seu objetivo é a alocação eficiente dos recursos disponíveis para a saúde, sendo, portanto, uma exigência para a incorporação de tecnologias em saúde. A literatura sobre falhas e diferenças de métodos que mudem os resultados de estudos de custo-efetividade é escassa. Neste artigo, foi utilizado o desenho de estudo de caso para ilustrar como a escolha de parâmetros e a definição de pressupostos incorporados aos modelos de análise de decisão podem influenciar os resultados e as conclusões das análises de custo-efetividade e custo-utilidade e, por consequência, a alocação de recursos de saúde. Para tanto, pautamo-nos na discussão de três casos, nos quais observamos que a escolha da estimativa da prevalência, da especificidade de um teste e do horizonte temporal gerou resultados de custo-efetividade divergentes. O que motiva as diferentes escolhas pode ser muito diverso; alertamos para o risco das escolhas baseadas em interesses de promover a nova tecnologia