Este artigo tem como foco a dinâmica da relação entre os Poderes Executivo e Legislativo federais no processo decisório da política de saúde durante um período que se inicia com a posse de José Sarney na Presidência da República (1985) e vai até o término do primeiro mandato do presidente Fernando Henrique Cardoso (1998). Procura-se problematizar a tese da primazia do Executivo Federal no processo legislativo em detrimento da autonomia e da iniciativa do Congresso Nacional. Inicialmente, analisam-se a participação e o peso relativo do Executivo e do Legislativo federais na conformação da agenda decisória da política pública de saúde no Brasil. Em seguida, enfatiza-se o tema dos recursos políticos de que dispuseram os dois Poderes durante os processos de negociação e voltados para a aprovação da legislação na área da saúde no Congresso Nacional.